Υπάρχουν διαφορετικές απόψεις από τους ιστορικούς για το πότε έγινε κατάληψη της περιοχής των Γιαννιτσών από τους Τούρκους. Αλλοι τοποθετούν την κατάκτηση των Γιαννιτσών από τους Τούρκους με επικεφαλής τον Γαζή Αχμέτ Εβρενός Μπέη το 1362 και άλλοι το 1385. Σίγουρα καταλήφθηκε από τους Τούρκους πριν πέσει στα χέρια τους η Θεσσαλονίκη (1430) και η 
Κωνσταντινούπολη (1453), των καιρό του σουλτάνου Μουράτ Α’. Μετά τα πρόσφατα ανασκαφικά ευρήματα στο νότιο τμήμα της περιοχής των Γιαννιτσών έχει καταριφθεί η απόψη ότι τα Γιαννιτσά τα ίδρυσαν οι Τούρκοι. Ομως η ιστορία των Γιαννιτσών τουλάχιστον από την άποψη της ονομασίας της περιοχής, αρχίζει συγχρόνως με την τουρκοκρατία. Διότι από τα πρώτα χρόνια της τουρκοκρατίας αναφέρεται για πρώτη φορά το τοπονύμιο Γιαννιτσά σε διάφορους τύπους. Αρκετοί υποστηρίζουν ότι το όνομα της πόλης ήταν αρχικά τουρκογενές δηλαδή Γενιτζέ (Νέα Πόλη) ή Γενιτζέ Βαρδάρ.
Σύμφωνα με τα επιχειρήματα του Γερμανού ιστορικού Χάμερ ο Τούρκος στρατηγός Εβρενός Μπέη έχτισε πάνω στο ερημωμένο κάστρο του Βαρδαρίου μία νέα Τουρκική πόλη το Γενιτζέ Βαρδάρ. Ωστόσο το πιθανότερο είναι ότι η προέλευση του τοπονυμίου είναι Ελληνική. Το υποστήριξε με τεκμήρια ο μεγάλος γλωσσολόγος Γεώργιος Χατζιδάκις. Είπε ότι το όνομα της πόλης προέρχεται έμεσα από το γνωστό ανδρικό όνομα Γιάννης (ο Γιάννης - ο Γιαννιτσάς - τα Γιαννιτσά) όπως ήταν συνήθεια στα ύστερα βυζαντινά χρόνια. Επίσης υποστήριξε ότι οι Τούρκοι στα πρώτα εκείνα χρόνια των κατακτήσεών τους, δεν είχαν την ευκαιρία να βαπτίζουν ή να μεταβαπτίζουν πόλεις. Διαφορετικές είναι οι απόψεις σχετικά και με την εθνικότητα των κατοίκων της περιοχής, δηλαδή αν ήταν αμιγώς Τουρκική πόλη.
Οι πληροφορίες που μας δίνουν οι δύο Τούρκοι συγγραφείς που πέρασαν από τα Γιαννιτσά τον 17ο αιώνα, ο Χατζή-Κάλφας και ο Εβλιγιά-Τσελεμπί, παρουσιάζουν τα Γιαννιτσά ως καθαρά Τουρκική πόλη. Αλλά σύμφωνα με άλλες πληροφορίες, προερχόμενες από τα γενετικά αρχεία, η πόλη εκατοικείτο όχι μόνο από μουσουλμάνους αλλά και από Ελληνες. Αυτές οι πληροφορίες είναι κατά έναν αιώνα περίπου παλαιότερες. Επίσης σύμφωνα με παλιά στατιστικά δεδομένα εκατοικείτο και από λίγους Εβραίους. Στους μεταγενέστερους αιώνες της τουρκοκρατίας όλες οι πληροφορίες μιλούν για χριστιανούς και μουσουλμάνους κατοίκους και μόνο στο δεύτερο μισό του 19ου αιώνα κάποιοι ξένοι περιηγητές κάνουν λόγο για Σλάβους ή Βουλγάρους.
Αυτός ο μικρός πληθυσμός της πόλης σύμφωνα με τις πολυπληθείς πληροφορίες, σε όλο το διάστημα των πέντε αιώνων της τουρκοκρατίας, κυμαινόταν από 4.000 εώς 10.000. Οι μουσουλμάνοι μιλούσαν την τουρκική γλώσσα. Οι χριστιανοί κάτοικοι της πόλης σύμφωνα με όλες τις ενδείξεις ήσαν δίγλωσοι, στην καθημερινή τους κουβέντα για λόγους ευκολίας είχαν συνηθίσει να χρησιμοποιούν ένα σλαβοφανές γλωσικό ιδίωμα, ενώ ήξεραν και τα Ελληνικά. Αυτό το διαπιστώνουμε από λίγες σωζόμενες γλωσικές μαρτυρίες που έχουμε από τα παλιά Γιαννιτσά (επιγραφές σε είκόνες της εκκλησίας, σε σταυρούς και άλλες) που είναι γραμμένες στα Ελληνικά.
Η οικονομία της πόλης την εποχή της τουρκοκρατίας στηριζόταν κυρίως στην γεωργική παραγωγή με κύρια προϊόντα τον καπνό, τα δημητριακά, τα αμπέλια.Υπήρχε επίσης σηροτροφία. Ανάμεσα στα επαγγέλματα, μπορούμε να αναφέρουμε αυτά που σχετίζονται με την παλιά λίμνη (ψαράδες - ψαθάδες). Από τότε ακόμη το παζάρι γινόταν κάθε Πέμπτη και ήταν το μεγαλύτερο της Μακεδονίας. Ενώ η εμποροπανηγυρη-ζωοπανηγυρη γινόταν στις αρχές Οκτωβρίου και συγκέντρωνε εμπόρους και επισκέπτες όχι μόνο από την Μακεδονία αλλά και τις άλλες περιοχές της Βαλκανικής. Από τα πρώτα κιόλας χρόνια της τουρκοκρατίας τα Γιαννιτσά θεωρούνταν από τους μουσουλμάνους και κυρίως απο τους φανατικούς Γιουρούκους, ως ιερή πόλη.
Αυτό οφειλόταν ότι ήταν θαμμένος στην πόλη ο μεγάλος τους πολέμαρχος Γαζή Αχμέτ Εβρενός Μπέη σε μεγαλοπρεπές μαυσωλείο και ο σεβαστός τους σεϊχης Ιλαχή. Επειδή, από την μία ήταν ιερή πόλη των Τούρκων και από την άλλη βρισκόταν σε σπουδαία στρατηγική θέση δηλαδή 
ανάμεσα στο βουνό Πάικο, στη λίμνη των Γιαννιτσών και στο δρόμο Θεσσαλονίκης-Μοναστηρίου, οι Τούρκοι διατηρούσαν πάντοτε σημαντικές στρατιωτικές δυνάμεις και αποτελούσε αξιόλογο στρατηγικό κέντρο. Για αυτούς τους λόγους στην μάχη των Γιαννιτσών (1912) οι Τούρκοι αντέταξαν εδώ λυσσώδη αντίσταση.
