Ολοι οι δρόμοι που συνέδεαν τη Θεσσαλονίκη με τα μεγάλα αστικά κέντρα : Γιαννιτσά, Βέροια, Νάουσα, Εδεσσα, Μοναστήρι καθώς και την Δυτ.Μακεδονία περνούσαν δίπλα από την λίμνη. Από πολύ νωρίς οι Βούλγαροι Κομιτατζήδες επισήμαναν τον στρατηγικό χαρακτήρα της περιοχής. Μετά την αποτυχία της εξέγερσης του Ιλιντεν (20 Ιουλίου 1903) πολλά βουλγαρικά σώματα κατέφυγαν σ’αυτήν κι αφού κατέλαβαν καίρια σημεία της, έθεσαν υπό τον έλεγχό τους τα κυριότερα περάσματά της.
Ο Τουρκικός στρατός της περιοχής, η δύναμη του οποίου υπολογιζόταν σε 160 περίπου τάγματα και είχε στην απόλυτη εξουσία και διοίκησή του τρία βιλαέτια (Θεσ/νίκης, Μοναστηρίου, Κοσσόβου), δεν μπόρεσε να θέσει υπό τον έλεγχό του την περιοχή της λίμνης. Απέφευγε τα ύπουλα νερά της, όπου παραμόνευαν ο βούρκος, η ελονοσία και οι κομιτατζήδες. Οταν ένα ανεξάρτητο κομιτατζίδικο βασίλειο στην καρδιά του βιλαετίου της Θεσσαλονίκης. Οι κάτοικοι των γύρω χωριών ασχολούνταν κυρίως με το ψάρεμα και κατασκεύαζαν καλύβες, στα αβαθή, απαραίτητες για την δουλειά τους. Οι καλύβες αποτελούνταν από πάτωμα φτιαγμένο από δοκάρια, καλάμια και χώμα τοποθετημένο πανω σε πασσάλους που ήταν μπηγμένοι στο βυθό, τοίχο από πλεγμένα καλάμια, σκεπή χαμηλή καλαμένια και πρστατευτικό περιτοίχισμα από κλαδιά, πέτρες και λάσπη. Ηταν σωστά οχυρά.
Η συγκοινωνία ανάμεσά τους γινόταν με τις πλάβες, ενώ από τις "σκάλες" επικοινωνούσαν με τα γύρω χωριά. Αυτές τις καλύβες και τα πατώματα κατέλαβαν οι Βούλγαροι αφού εκτόπισαν βίαια τους ψαράδες και τις μετέτρεψαν σε οχυρά και ορμητήρια. Η βία και ο τρόμος απλώθηκαν στα γύρω χωριά, ενώ έλεγχαν όλους τους δρόμους επικοινωνίας την Κεντρική Μακεδονία. Η κύρια δύναμή τους ήταν συγκεντρωμένη στο Ν.Δ. τμήμα της λίμνης κοντά στο Ζερβοχώρι και το Γκόλο-Σέλο (Ακρολίμνη) όπου διατηρούσαν και έξι από τις σημαντικότερες καλύβες τους, καθώς και το αρχηγείο τους, με επικεφαλής τον Βοεβόδα Αποστόλ Πέτκοφ, αρχιτρομοκράτη της περιοχής. Η συνολική δύναμή του έφτανε του 250 άντρες. Οσο καιρό δρούσαν ανενόχλητα τα βουλγαρικά σώματα, μπορούσαν να ελέγχουν αποτελεσματικά και τις περιοχές της Νάουσας, της Βέροιας και των Βοδενών (Εδεσσα).
Η στρατηγική σημασία της λίμνης εντοπίστηκε έγκαιρα και από τις Ελληνικές δυνάμεις. Το Γενικό Προξενείο της Θεσσαλονίκης ήταν το πραγματικό αρχηγείο του Μακεδονικού αγώνα και το κέντρο λήψης όλων των αποφάσεων. Επικεφαλής των υπηρεσιών του σ’ολη την διάρκεια του αγώνα ήταν, ο Λάμπρος Κορομηλάς, άνθρωπος προικισμένος με σημαντικές διοικητικές, πολιτικές και διπλωματικές ικανότητες. Πλαισιωμένος από ένα εκλεκτό επιτελείο συμβούλων (Εξαδάκτυλος, Μαζανάκης, Ταβουλάρης) κατέστρωνε σχέδια, έδινε εντολές σε οπλαρχηγούς, ανεφοδίαζε με οπλισμό τα ανταρτικά σώματα, έστελνε εκπαιδευτικούς στα Ελληνικά σχολεία και γενικά επόπτευε και συντόνιζε τα πάντα.
Το αρχηγείο του αγώνα, μετέφερε σταδιακά από το φθινόπωρο του 1904 τον αγώνα στην λίμνη, στέλνοντας κρυφά πολλούς νέους και ικανούς αξιωματικούς μεταμφιεσμένους σε χωρικούς, εμπόρους και κληρικούς, με σκοπό την οργάνωσή του, καθώς και την ισχυροποίηση των Ελληνικών θέσεων. Η ιδιαιτερότητα των συνθηκών του βάλτου και το βαρύ ανθυγιεινό κλίμα, υποχρέωναν το Προξενείο να αλλάζει πολύ συχνά τους καπεταναίους των σωμάτων. Κατά την διάρκεια των τεσσάρων χρόνων (έως το 1908) πέρασαν από την περιοχή οι αξιωματικοί : Κ.Μπουκουβάλας (Πετρίλος), Μιχ. Αναγνωστάκος (Ματαπάς), Τέλλος Απαπηνός (Τέλλος Αγρας), Γ.Δεμέστιχας (Νικηφόρος) και πολλοί άλλοι, που όλοι τους συνεργάστηκαν πολύ στενά με ντόπιους αρχηγούς, με πιο σημαντικό από αυτούς τον Γκόνο Γιώτα.
Ο καπετάν Γκόνος Ο Γκόνος Γιώτας έγινε ο συνδετικός κρίκος όλων των αρχηγών, η ψυχή και το μυαλό του βάλτου. Παρέμεινε σ’όλη τη διάρκεια του αγώνα στην περιοχή και ήταν γνωστός σαν "το στοιχειό της λίμνης". Γνώριζε άριστα το βάλτο, τα κανάλια του, τις καλύβες και τα περάσματα. Είχε ατσάλινο οργανισμό. Δεν προσβλήθηκε ούτε από την υγρασία ούτε από τη ελονοσία που μάστιζε την περιοχή. Διέθετε επίσης εξυπνάδα, πονηριά, υπομονή και στρατηγική αιφνιδιασμού. Η εμφάνισή του στη λίμνη, τον Οκτώβριο του 1904, προσέδωσε άλλο χαρακτήρα στον Μακεδονικό Αγώνα. Εγινε ο απαραίτητος σύμβουλος και ο πολύτιμος οδηγός όλων των αρχηγών που περνούσαν από την λίμνη.
Με τη δράση του βοηθούσε να αναπνεύσουν και να αναθαρρήσουν κάπως οι τρομοκρατημένοι κάτοικοι των κωριών του βάλτου από την ασφυκτική παρουσία των κομιτατζήδων. Εξι χωριά της περιοχής που είχαν υποχρεωθεί με την βία και την καταπίεση να γίνουν Εξαρχικά, με τις παροτρύνσεις του Γκόνου Γιώτα και του Πετρίλου (Κ.Μπουκουβάλας) επέστρεψαν στο Πατριαρχείο : Ζορμπάς (Μ.Μοναστήρι) - Κιρτζαλάρ (Παρθένι) - Καϊλή (Βραχιά) - Αγ. Απόστολοι (Πέλλα). Από το Μάρτιο του 1905 ο Γκόνος Γιώτας συνεργάστηκε με το πρώτο συγκροτημένο Ελληνικό σώμα του Καπετάν-Πετρίλου το οποίο κατάφερε να αποκτήσει ερείσματα στις καλύβες Τσέκρι, Αλή και Λάκα και να αποκόψει τη τροφοδοσία των Βουλγαρικών σωμάτων.
Στις 22 Απριλίου του 1906 το σώμα του Παπατζανετέα και του Γκόνου Γιώτα εξόντωσε βουλγαρική συμμορία στη περιοχή Βερτικόπ (Σκύδρας) αποκτώντας έτσι τον έλεγχο του δρόμου Γιαννιτσών-Εδεσσας. Λίγες μέρες αργότερα εξουδετέρωσαν βουλγαρικές θέσεις στο χωριό Αλάρ (Αρχοντικό). Το Νοέμβριο του 1906 ο καπετάν Αγρας με τη συνεργασία του Γκόνου κατάφερε αποτελεσματικό χτύπημα και μεγάλη φθορά στο ορμητήριο και κέντρο ανεφοδιασμού του Αποστόλ Πέτκοφ στο Ζερβοχώρι. Το Γενάρι του 1907 ο καπετάν Νικηφόρος με τη βοήθεια του Γκόνου Γιώτα απέκρουσε με επιτυχία στη μεγάλη καλύβα Κούγκα συγχρονισμένη επίθεση 80 κομιτατζήδων των Πέτκώφ, Χατζή-Τράϊου και Ζλάταν. Το 1908 και μέχρι την ανακήρυξη του Συντάγματος των Νεοτούρκων, με τη δική του ομάδα - 35 περίπου παλικάρια από τα Γιαννιτσά και τα γύρω χαριά - πραγματοποίησε άλλες επτά επιθέσεις σε κρησφύγετα των κομιτατζήδων. Αλλά και μετά το κίνημα των Νεοτούρκων και την αμνηστία που ακολούθησε, συνέχισε τη δράση του κυρίως με προσπάθειες επαναφοράς σχιματικών οικογενειών, καθώς και χωριών ολόκληρων, στο Πατριαρχείο.
Κατά τους τελευταίους μήνες του 1908 αναγκάστηκε να καταφύγει στην Αθήνα όπου τέθηκε στη διάθεση του Γενικού Επιτελείου Στρατού. Οταν προσπάθησε να επιστρέψει στη Μακεδονία, προδόθηκε και σκοτώθηκε σε μια συμπλοκή που έγινε με τουρκικό απόσπασμα στη λίμνη των Γιαννιτσών, στις 12 Φεβρουαρίου 1911, σε ηλικία 31 ετών. Πιστεύεται ότι προδόθηκε από τον Αποστόλη από το Γιδά, παλιό του συνεργάτη και τον γιατρό Αντωνάκη, οι οποίοι εξαγοράστηκαν από το Νεοτουρκικό Κομιτάτο. Φυσικά η αναφορά στη δράση του Γκόνου Γιώτα είναι καθαρά ενδεικτική αφού οι πολεμικές επιχειρήσεις όπου έλαβε μέρος ήταν αναρίθμητες. Πολύ χαρακτηριστικά δίνει την ένταση της αναμέτρησης στη λίμνη των Γιαννιτσών η Πηνελόπη Δέλτα στο πολυδιαβασμένο βιβλίο της "Τα μυστικά του Βάλτου". Η προσφορά της πόλης στον Μακεδονικό Αγώνα Η πόλη των Γιαννιτσών λόγω της θέσης της κοντά στη λίμνη, πρόσφερε πολλά στον Μακεδονικό Αγώνα. Πολλοί Γιαννιτσώτες εντάχθηκαν και πολέμησαν στα Ελληνικά αντάρτικά σώματα.
Αλλοι πρόσφεραν τις υπηρεσίες τους ως οδηγοί, μεταφορείς και πράκτορες των καπεταναίων της λίμνης. Με ευθύνη του Γενικού Προξενείου της Θεσσαλονίκης ορίστηκαν σε κάθε πόλη και χωριό της Μακεδονίας επιτροπές πολιτικής άμυνας, που φρόντιζαν για την οργάνωση και κινητοποίηση των κατοίκων, για την προάσπιση των συμφερόντων τους απο τις αυθαιρεσίες των κατακτητών και για την ενίσχυση των αντάρτικων ομάδων της περιοχής τους. Στα γιαννιτσά η Επιτροπή αυτή αποτελούνταν από τους Αντώνιο Κασάπη (Πρόεδρο), Παπα-Δημήτρη Οικονόμου (Γραμματέα), Χρήστο Διδασκάλου (Ταμία), οι οποίοι δολοφονήθηκαν άγρια από τους κομιτατζήδες για τη δράση τους. Ο Αντ.Κασάπης το 1904 (νωρίτερα είχαν δολοφονήσει βάναυσα την κόρη του, Βελίκα Ρώμα στο σπίτι της στο Πυλορίγι στις 6 Μαρτίου 1903), ο Διδασκάλου κοντά στο Γυψοχώρι το 1907 και ο παπαΔημήτρης στη Λάκκα το 1909.
Για τις πολυτιμες υπηρεσίες τους στον αγώνα δολοφονήθηκαν επίσης : ο Χρήστος Χατζηδημητρίου (17-7-1905) στον κεντρικό δρόμο της πόλης, στην αγορά, ο Διονύσης Σαμολαδάς το 1904, ο Αριστείδης Δουβαντζής και ο Διονύσης Τσακμάκης το 1905. Ο Γιάννης Καραμπατάκης με την ανηψιά του, ο Σταύρος Μιτζούρης, ο Αθανάσιος Οικονόμου, ο Αθανάσιος Οργαντζής το 1906.
