Η τρομοκρατία των Βουλγάρων στην πόλη δε σταμάτησε και μετά την ανακήρυξη του Συντάγματος (1908) από τους Νεοτούρκους. Για το λόγο αυτό κάτοικοι των Γιαννιτσών πραγματοποιούν στα τέλη Αυγούστου του 1908 συλλαλητήριο με αιτήματα : Την εξορία του τρομοκράτη Πέντσωφ από τα Γιαννιτσά, την τιμωρία του Εισαγγελέα γιατί δεν εκτέλεσε το καθήκον του και την απομάκρυνση από την πόλη του Βοεβόδα Αποστόλ Πέτκωφ. Οι Ελληνες για να αντιδράσουν, ιδρύουν σχολεία, χριστιανικές εκκλησίες, φιλανθρωπικούς συλλόγους, αδελφότητες κ.α. Τα σχολεία που ιδρύθηκαν κατά το 17ο και 18ο αιώνα απέβλεπαν κυρίως στη θρησκευτική υποδομή της κοινωνίας. Από το 1870 και μετά, όταν οι Βούλγαροι προσπαθούν να γίνουν κύριοι της Μακεδονίας το ελληνικό στοιχείο της περιοχής έπρεπε να ενισχυθεί. Γι’αυτό το λόγω ιδρύονταν εκείνη την εποχή, σε πολλές πόλεις της Μακεδονίας, σχολεία και φιλεκπαιδευικοί σύλλογοι.
Ο Δ.Πλαταρίδης αναφέρει στο σύγγραμμά του "Εκθεσις της κατά την επαρχίαν Βοδενών διανοητικής αναπτύξεως" τα παρακάτω : Γιαννιτσά : πρωτεύουσα πολιτικής επαρχίας, που κατοικείται από 800 περίπου Οθωμανικές οικογένειες και 400 χριστιανικές. Η χριστιανική κοινότητα διατηρεί τέσσερα σχολεία, στα οποία φοιτούν περίπου 210 μαθητές και των δύο φύλων και διαιρούνται με τον ακόλουθο τρόπο. Σχολαρχείο : ένας δάσκαλος και 21 μαθητές. Δημοτικό σχολείο : έχει 93 μαθητές που διαιρούνται σε συνδιδακτικά τμήματα. Παρθεναγωγείο : έχει 16 μαθήτριες και διαιρείται σε δεύτερη τάξη ελληνικού σχολείου από 5 μαθήτριες και 2 συνδιδακτικές. Νηπιαγωγείο : έχει 80 νήπια, 50 αγόρια και 30 κορίτσια που διδάσκονται σύμφωνα με τη νηπιαγωγική μέθοδο.
Στις αρχές του αιώνα (1903-1904) λειτουργούν απλωμένα σε όλη την πόλη , τα παρακάτω ελληνικά σχολεία : 1 Aρρεναγωγείο και 1 Παρθεναγωγείο ενώ συγχρόνως λειτουργούν και 3 Νηπιαγωγεία κατεσπαρμένα στις συνοικίες Μπουτσάβα, Ανω Συνοικία (περιοχή Μητρόπολης) και Κάτω Συνοικία (Ανατολικά της πλατείας Μάγγου). Τα ελληνικά σχολεία Γιαννιτσών συγκεντρώνουν από τον χριστιανικό πληθυσμό συνολικά 645 μαθητές και μαθήτριες. Στα σχολεία των Γιαννιτσών εκείνης της περιόδου δίδαξαν και πολλοί Γιαννιτσώτες δάσκαλοι όπως Δημ.Παπαδόπουλος, Σ.Γκοτσαμάνης, Μ.Βαρέλας, Βελ.Ρώμα κ.α. Γύρω στα 1907 ιδρύθηκε με φροντίδα της εκκλησίας και της ελληνικής κοινότητας και οικοτροφείο στο οποίο έμεναν 50-60 μαθητές από τα χωριά της περιοχής. Την περίοδο αυτή ιδρύθηκαν και διάφοροι σύλλογοι-αδελφότητες όπως η "φιλόπτωχος αδελφότητα" ή "αδελφότητα Κυριών" κ.α. που δραστηριοποιήθηκαν και μετά την απελευθέρωση.
Τα Γιαννιτσά και η περιοχή τους υπαγόταν εκκλησιαστικώς την Μητρόπολη Βοδενών που δημιουργήθηκε κατόπιν απόφασης του Οικουμενικού Πατριαρχείου το 1767, με απόσπαση της Επισκοπής Βοδενών από την Αρχιεπισκοπή Αχρίδος. Στις 14 Οκτωβρίου 1924, επί Οικουμενικού Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Κωνσταντίνου ΣΤ’ (1924-25), δημιουργήθηκε νέα Μητρόπολη με τον τίτλο "Ιερά Μητρόπολη Γενιτσών και Γουμενίτσης".
Η νέα αυτή Ι.Μ., όπως και άλλες, σε άλλα μέρη της Ελλάδας, είχε ιδρυθεί με Απόφαση του Οικουμενικού Πατριαρχείου, για να λύσει το πρόβλημα των αρχιερέων, οι οποίοι είχαν καταφύγει στην Ελλάδα, μετά την Μικρασιατική Καταστροφή του 1922, (όπως τονίζεται στην πατριαρχική πράξη 4427/6-11-1924) και επανήλθε το 1932, όταν εξέλιπαν οι λόγοι, κατά την κρατούσα εκκλησιαστική τάξη στην Ι.Μ. Εδέσσης, Πέλλης (από το 1922 αυτός είναι ο τίτλος της Μητρόπολης των Βοδενών) και Αλμωπίας (από το 1967, μετά την απόσπαση της επαρχίας Αλμωπίας από την Ι.Μ.Φλώρινας). Την Ι.Μ. Γιαννιτσών και Γουμενίτσης είχαν ποιμάνει, δύο Μητροπολίτες : Από τις 14 Οκτωβρίου 1924 ως τις 14 Δεκεμβρίου 1927 (απέθανε στις 14 Ιανουαρίου 1928) ο μητροπολίτης Σμάραγδος Χατζηευσταθίου και από τις 27 Ιανουαρίου 1928 ως τον Οκτώβριο του 1932 ο μητροπολίτης Βασίλειος Παπαδόπουλος- μετατέθηκε το 1932, στην κενή μητροπολητική έδρα Μογλενών, δηλαδή στη σημερινή Ι.Μ. Φλωρίνης μαζί με την επαρχία Αλμωπίας, στην οποία έμεινε ως το τέλος της ζωής του, το 1966. Εικόνες για τα πρώτα ελεύθερα χρόνια της πόλης μας, δίνουν δύο δημοσιεύματα : Τo Βαρόσι και η Μπουτσάβα κατοικούνται από Ελληνες τα χωρίζει το ρέμα από το Χαζνέ και τον Κάτω Μαχαλά.
Οι Ελληνικές αρχές εγκαταστάθηκαν στις ελληνικές συνοικίες. Το Αρχοντικό του Ρεβυθιάδη φιλοξένησε το Δημόσιο Ταμείο και την Οικονομική Εφορία. Στο τουρκομαχαλά τα τουρκάκια πήγαιναν σχολείο στην Ιερατική Σχολή (εκκοκιστήριο Δίνα) Για πρώτη φορά λειτούργησε ελληνικό σχολείο μετά την απελευθέρωση το σχολικό έτος 1915-16 στο σπίτι της Μαρίας Οικονόμου χήρας του Αθανασίου Οικονόμου που σκότωσαν οι Βούλγαροι κομιτατζήδες. Ο πρώτος καθηγητής σταλμένος από τη Θεσσαλονίκη ήταν ο Σταύρος Νίτσας (καθηγητής Β’ Γυμνασίου Θεσ/νίκης).
Ο Μενέλαος Λουντέμης με το φιλολογικό ψευδώνυμο Τάκης Βαλασιάδης έγραψε για τις εντυπώσεις που του προκάλεσαν τα Γιαννιτσά, στην εφημερίδα "Αγροτική Ιδέα" της Εδεσσας στις 15/7/1928. " Μια δεύτερη μικρή παραμυθένια επτάλοφος με τους λιθόστροτους δρόμους της με τα σαν παλάτια τζαμιά της με τους ψηλούς μιναρέδες των. Εξετάζοντας την μεγάλη έκταση της θάλεγες ότι έχει 60-70 χιλιάδες κατοίκους. Σου κόβονται τα πόδια για να πας από την παλιά αγορά ως τον καινούριο συνοικισμό των εκ Βουλγαρίας προσφύγων. Και όμως αριθμεί σχετικά λίγες χιλιάδες.
Το κεντρικότερο και καλύτερο μέρος της είναι ο "χαζνές" ένα μικρό αυτοσχέδιο σταυροδρόμι της μικρής μας επταλόφου. Πολλά ιδρύματά της και εσωτερικά έργα μαρτυρούν ότι δεν είναι καθόλου παραμελημένη από τον Δήμο. Η κίνησή της μικρά. Η αριστοκρατία της μεγάλη και εκλεκτή. Γενικά καλή γεωργική επαρχιακή πόλη".
